Ján Gunčaga sa narodil 15. Júla 1923 v Staškove, Slovenská republika. Po stredoškolských štúdiách v Martine a Bratislave študoval na Vysokej škole obchodnej a na lekárskej fakulte v Bratislave (1947-1952).

Pre svoje kresťanské presvedčenie a prácu v laickom apoštoláte bol v rokoch 1948-1964 komunistickým totalitným režimom prenasledovaný . V rokoch 1952-1955 absolvoval ako politický väzeň kruté väzenie v ČSSR.

V rokoch 1956-1964 pracoval ako robotník a zdravotný laborant v nemocnici v Banskej Bystrici. V rokoch 1964-1966 dokončil lekárske štúdium v Bratislave, Berlíne a Krakove.

V roku 1968 sa angažoval ako ústredný funkcionár v celoštátnom hnutí katolíckej cirkvi DIELO KONCILOVEJ OBNOVY . Po okupácii ČSSR v roku 1968 bol donútený odísť s rodinou do exilu, lebo mu hrozilo opätovné väznenie a prenasledovanie. Azyl našiel vo Švajčiarsku.

V rokoch 1968-1974 pracoval ako odborný lekár - endokrinológ na univerzitnej klinike v Bazileji. Súčasne sa venoval lekárskemu výskumu v klinickej osteológii . Je autorom 44 vedeckých prác a spoluautorom lekárskych učebníc. V rokoch 1974-1983 pracoval na oddelení klinickej farmakológie klinického výskumu v osteológii vo farmaceutickej firme Hoffmann - La Roche, Basel . Viedol multicentrické štúdie na univerzitách v Západnej Európe, Kanade a USA.

Od roku 1971 do 1989 bol predsedom národnej organizácie slovenských katolíckych intelektuálov (ÚSKI), ktorá je národným členom medzinárodného hnutia katolíckych intelektuálov PAX ROMANA.

Po novembrovej revolúcii v ČSSR v roku 1989 pracoval ako predseda Ústredia slovenskej kresťanskej inteligencie na Slovensku do roku 1998 , od roku 1999 je čestným predsedom Ústredia slovenskej kresťanskej inteligencie. V rámci ÚSKI organizoval a viedol systematické politické semináre s vedúcimi sloveských politických strán pedagogické konferencie, politické, ekonomické, vedecké a náboženské sympózia a vzdelávacie workshopy pre mladú kresťanskú inteligenciu.

Popri svojej publicistickej činnosti doma i v zahraničí sa venoval kristianizácii svetských povolaní, formovaniu angažovaných kresťanov a politickej filozofii . V tejto oblasti je autorom kníh: NEKONVENČNÝ KRESŤAN (Lúč, Bratislava, 1997), NEKONVEČNÁ POLITIKA A SLOVENSKÁ IDENTITA (Vydavateľstvo Michala Vaška, Prešov, 1998), LAIK AKO KRESŤAN Z POVOLANIA (Vydavateľstvo Michala Vaška, Prešov, 1999) a jej verzie v anglickom jazyku : LAITY AS CHRISTIAN BY PROFESSION (Vydavateľstvo M.Vaška, Prešov, 2000).

22.mája 2000 mu TRNAVSKÁ UNIVERZITA udelila čestný titul Doctor Honoris Causa.